مهم‌ترین فرایندی که در ساخت استخرهای مختلف از جمله استخرهای بادی، پیش ساخته و استخرهای بتنی باید در نظر گرفته شود تصفیه آب است. در روش‌های قدیمی برای تصفیه سازی، آب استخر را تخلیه و دوباره پر می‌کردند. اما در این روش آب زیادی به هدر می‌رفت. مناسب‌ترین و مقرون به صرفه‌ترین روش پاکسازی و شفاف‌سازی آب استخرها که به خاطر استفاده مکرر آلوده می‌شوند انجام عملیات تصفیه آب است که بسته به ابعاد و ظرفیت آب استخرها روش‌های متفاوتی دارد. مهم‌ترین فاکتور استخرها، آب است. فرایند تصفیه آب در استخرهای شنا یک فرایند سیکلی بسته است. آب استخر با استفاده از پمپ استخری در سیستم تصفیه به جریان می‌افتد. برخی پمپ آب‌ها علاوه بر تصفیه آب و زباله گیری استخرها، شفاف سازی آب هم دارند. از جمله مهم ترین تجهیزات استخر که برای تصفیه آب بکار می‌روند عبارت‌اند از:

·         پمپ

·         فیلتر

·         تغذیه کننده شیمیایی

·         سیستم تخلیه

·         سیستم برگشت

·         سیستم لوله‌کشی

برای از بین بردن آلودگی و کثیفی آب استخر از سیستم تصفیه گردشی استفاده می‌شود. مدل معمول سیستم تصفیه آب استخر بدین صورت است که دو یا چند خروجی در کف استخر و چند اسکیمر در اطراف و دورتادور لبه استخر قرار می‌گیرند که آب از آن‌ها به سمت تاسیسات تصفیه آب خارج می‌شود. محل تخلیه اصلی در عمیق‌ترین و پایین‌ترین نقطه استخر تعبیه می‌شود و کف استخر به طوری طراحی شده است که شیب ملایمی نسبت به محل تخلیه اصلی دارد. آلودگی‌ها و کثیفی‌های کف استخر هم از این محل تخلیه می‌شوند. روی قسمت تخلیه کف معمولاً یک توری گذاشته می‌شود تا به خاطر گیر کردن مو و زباله‌های دیگر مشکل گرفتگی لوله پیش نیاید. جمع آوری آب سطح استخر که معمولاً آلوده و حاوی روغن حمام، ضدآفتاب، آشغال شناور و … بوده برعهده اسکیمرها است.

علاوه بر استفاده از فیلتر، برای برقراری توازن شیمیایی آب استخرها معمولاً مواد شیمیایی به آب تزریق می‌کنند. استخرها مکان خوبی برای انتقال آلودگی‌ها و باکتری‌های موجود در آب، و عوامل بیماری‌زا از یک فرد به دیگری هستند. در صورتی که توازن شیمیایی آب بهم بخورد مشکلات زیادی برای استخر و شناگران بدنبال خواهد داشت. شایع‌ترین مشکل برهم خوردن تعادل شیمیایی آب تحریک پوستی و چشمی شناگران است. برای رفع این مشکلات معمولاً از سیستم ضدعفونی کننده در استخرهای شنا استفاده می‌کنند. رایج‌ترین ضدعفونی کننده استخرها هم ماده کلر است. ماده‌ای با نیمه عمر طولانی که قابلیت ماندگاری بلند مدت دارد. اما ممکن است باعث سوزش پوستی و چشمی میان شناگران شود. دیگر ضدعفونی کننده مناسب برای تصفیه آب استخرها برم است که پایداری بیشتری در دماهای بالا در مقایسه با کلر دارد بهمین خاطر گزینه مناسب‌تری برای تصفیه آب تاسیسات جکوزی محسوب می‌شود. اما درعین‌حال اکسیدکننده ضعیفی است که نسبت به نمک و کلر هزینه بالاتری دارد. گاز ازن که اکسید کننده قوی محسوب می‌شود دیگر ماده مورد استفاده برای تصفیه آب استخر است که قابلیت تجزیه آلاینده‌های روغنی را دارد. اما ازن را نمی‌توان به تنهایی برای ضدعفونی کردن استخر استفاده کرد چرا که نمی‌تواند تمام آلاینده‌ها را نابود کند. ضمن اینکه غلظت بالای گاز ازن برای سلامتی خطرناک است